不同有效程度的内部控制会通过创新决策来影响创新效率，这一过程必然会受到企业内部管理的重大影响。
而股权结构作为企业内部治理的重要影响因素，基于委托代理理论，不同的股权结构会产生不同的委托代理关系，进而影响到企业的内部控制管理、公司决策等过程。
不同的股权结构会影响内部控制有效性对企业创新效率之间的关系。
股权集中度对内部控制有效性与企业创新效率的调节作用相对集中的股权能够获得更多的研发活动投入资金，便于股东对管理层进行监督，而且能够缓解企业的委托代理问题，使得管理层能够充分考虑自身的利益以及企业的发展。
但由于相对分散的股权会形成加大代理成本等公司治理问题，从而影响到整体创新效率。
从企业创新项目的资金投入角度考虑，企业股东的权益和企业的整体利益随着股权集中度的日益增加而逐渐趋同，大股东们更愿意投资企业优质的创新项目，进而保持其在行业内强有力的竞争地位，促进企业长期发展，而不是投资仅仅能为公司带来短期利益的项目。
从创新活动流程中的研发效率角度考虑，股权集中度的提高意味着大股东的话语权越大，对企业的重大决策有直接的决定权，同时对创新活动过程中的管理运行情况有更强的监督力度。
不仅能对研发人员的研发过程进行监督和约束，而且还能创新资金的使用过程进行监督，使其保持较高的利用率，进一步提升企业的创新效率。
在股权比较集中的股权结构中，控股股东会更加重视企业的长远发展，所以股权集中可以推动或促使管理，在各个领域提高企业的吸收能力，进而保持对于行业科技应用的领先优势，提高企业对于技术的使用效率和产出效果，保证企业业务和产品的市场竞争优势，为企业谋取更多的利润。
股权的高度集中使股东对管理人员的监督力度大为增强，可以帮助管理人员作出更为有利于企业长远发展的投资决策，增加对技术创新方面的投入，促进企业创新管理水平进一步提高，技术产出效率不断提升。
股权制衡度对内部控制有效性与企业创新效率的调节作用股权制衡度作为企业股权结构的重要因素，指的是企业的各个大股东之间的股权制约关系，而股权制衡度的不同会导致制衡股东的监督成本、控制权的争夺以及制衡股东对风险的偏好存在差异，进一步会影响到内部控制有效性与企业创新效率的关系。
所以股权制衡度对内部控制有效性与企业创新效率关系的调节作用。
股权制衡度的提高导致企业的股权相对分散，使得所有权和经营权相对分离。
因为企业股东对管理层监督力度不足，往往导致对管理层的监督收益无法涵盖监管成本，而小股东们出于对自身权益的考虑，也往往会采取“搭便车”的投资决策。
也因为企业创新活动存在着高风险的特征，所以企业管理者们想要避免高风险，通常不会青睐于投资周期较长、经营风险高的创新项目，我国的内部治理机制尚不健全，股权制衡度越大，治理效率不足，导致企业创新活动受限。
股权制衡度的提高也会导致股东们对企业没有绝对的话语权，进而加大各个制衡股东以及各方利益相关者对企业控制权进行角逐。
股权制衡度与企业技术效率负相关，因而制衡型的股权结构会阻碍效率的提高。
而具体地从企业内部治理环境对投资效率的影响来看，企业制衡度越大，各大股东出于促使自身利益最大化而进行利益争夺。
因而分散了企业大股东的投资精力，不能更高效的完成企业投资决策行为，对于有效的内部控制对企业创新效率的促进作用产生阻碍作用。
从制衡股东对风险的偏好来看，制衡股东们由于对企业的创新活动均有决策权，并且共同对创新成果承担责任。
制衡股东们对风险较大的创新活动偏向性较弱，更愿意接受稳定性强、盈利能力较强以及风险较小的项目。
股权制衡度越高，越是能够减少企业业绩的波动性，使企业的运行更为稳定，这也就说明了企业的制衡股东们更偏向于稳定性较高的项目，对于创新活动的效率提升有阻碍作用。
高管持股比例对内部控制有效性与企业创新效率的调节作用高管持股可以在一定程度上缓解委托代理问题。
高管持股比例的多少会通过影响公司高管对创新项目的认可度，影响委托代理成本的高低，影响内部控制对技术创新效率之间的关系。
考虑高管持股比例对内部控制有效性与企业创新效率关系的调节作用。
委托代理理论，股东所追求的是长期收益最大化，对于高风险高收益的创新活动更加青睐，而管理层主要追求个人利益最大化。
管理层认为工作的稳定性和收益的持续性是最重要的，因此如果发生股东和管理层对于创新观念不合的情况，管理层更愿意放弃对于创新活动的决策而选择保守的经营策略，进而错失创新机会，降低创新投资的效率。
技术创新的过程包括了许多主体的决策行为，例如创新主体与管理主体等等，创新决策的过程中由这些主体依据自身储备的知识和技能，完成每个阶段性的专业决策，进而帮助整个创新过程进行决策。
这些单个主体的决定只是技术创新进程中的一个步骤，最终的技术创新决定主要由管理者做出，管理层和股东之间的第一类代理成本也就增大。
而通过高管持股的管理方式，则能够增加管理者对个人薪酬获得的动力，从而提高了个人晋升的积极性，进而有效的缓解了与股东之间的代理冲突。
合理的股权激励政策也会赋予管理层共享企业长期利润的权利，与股东的长期利润目标逐步趋同，促进了管理层对于企业的主人翁意识，使得内部控制的运行更加有效。
进一步推动管理层对企业长期绩效的重视程度，加大管理层在创新活动方面的创新资源投资，促进创新效率的高效实现。
有效内部控制通过缓解代理冲突促进创新效率，高管持股比例的增加进一步缓解了代理冲突，对两者的关系有促进的作用。
